位点修饰/溶解性/稳定性

抗体的修饰位点的分析对后期工艺乃至最后的成药起着至关重要的作用。如天冬酰胺 (Asn) 脱酰胺化、天冬氨酸 (Asp) 异构化和甲硫氨酸 (Met) 氧化等修饰是重组抗体的典型降解因素。研究表明，单克隆抗体中 Asn、Asp 和 Met 残基的降解会影响蛋白质活性。我们基于抗体结构全面的提供了抗体可能遇到的所有的修饰情况，进行风险评估，把高风险的位点标记出来，并同时提供改造方案供使用者参考。

溶解性的好坏也决定着抗体是否会最终成为药物的关键因素，抗体的溶解性好坏可以部分反映着其表达量与稳定性，溶解性差的抗体很难成为最终的药物。我们通过抗体CDR序列的疏水与亲水氨基酸的比例以及通过抗体结构分析其表面的疏水氨基酸情况来最终判断此抗体的溶解性情况。

稳定性也同样重要，由于抗体药物需要生产、运输、及储存，会经历不同的环境条件，因此其自身的稳定性尤为重要，稳定性差的抗体很难成为临床使用的药物。通过抗体结构分析，计算CDR内部的作用力，包括库伦力、范德华力、疏水作用力等等来判断其内部结构的牢固程度，以此来推断其热稳定性。

结果解读：

如上图所示，通常我们会得到如下表格，从左至右每列分别为:

抗体名字Name：
重链的修饰位点Hmodifysite：如NG、NT脱氨位点，DG异构化位点等，并用红色标出。
轻链的修饰位点Lmodifysite：同上。
AverageHhydro：整个抗体的可溶性情况，此数值越低溶解性越好，具体的溶解性分类可以点击进链接通过颜色标注查看。如下图：表格颜色由绿色、无色、黄色、红色表示溶解性依次变差。
HHydro：重链的可溶性情况。
LHhydro：轻链的可溶性情况。
Aggregation：聚集聚体情况，分为High、Low两种，代表聚集风险的高与低。根据抗体的溶解性、CDR表面电荷分布、CDR表面是否与其它分子形成2级结构等来评估聚集情况。
TMvalue：TM热稳定性数值，分为大于>65℃和小于<65℃两种，TMvalue>10则>65℃，反之<65℃。通过抗体结构分析，计算CDR内部的作用力，包括库伦力、范德华力、疏水作用力等等来判断其内部结构的牢固程度，以此来推断其热稳定性。

脱氨及异构化修饰原理：

糖化原理：

当点击抗体名词Name后会进入到下图的界面中：

界面中会罗列出每个抗体的重链与轻链的序列，其中每条序列会重复三次，

第一行里面会根据氨基酸的性质如疏水、可能的修饰位点等情况标注出颜色。

第二行里面会标注出CDR所在的位置。

第三行会标注出可能的B细胞结合表位，这些表位是输入的鼠源的未经过人源化的序列表位，所以主要关注CDR区是否有结合B细胞的表位，后面的结果还会提供人源化后的可能的结合表位。

当点击修饰位点的链接后，会进入到下图中的修饰位点在具体的CDR中的分布：

其中表绿颜色与黄颜色的CDR部分分别是抗体重链和轻链修饰位点发生的高风险区域。同时脱氨位点用红颜色字体标出，异构化位点用蓝颜色字体标出。从左至右每列分别为:

抗体名称Name：抗体名称中每个抗体的重链与轻链是分别列出的。

CDR1：包含每个抗体的重链与轻链的CDR1。

CDR2：包含每个抗体的重链与轻链的CDR2。

CDR3：包含每个抗体的重链与轻链的CDR3。

点击溶解性的链接后，会进入到下图的界面中，从左至右每列分别为：

Average：整个抗体的溶解性，数值越低代表溶解性越好，绿颜色代表高于已成药抗体平均的溶解性。通过计算CDR部分氨基酸的解离常数来判断溶解性，目前不会自动给出解决方案，需要根据不同情况来解决。通常数值大于2表示溶解性差，小于-30则非常好。
Name：抗体名词
H：重链溶解性。
L：轻链的溶解性。
Aggregation Tango：用Tango法分析聚集性，查看抗体分子间CDR之间是否会形成比较强的相互作用力如β-aggregation，是否会因此产生聚集的风险。β-aggregation is the process of association of proteins, mainly via the formation of intermolecular beta-sheet structures through short aggregation-prone regions (APRs) of the polypeptide sequence. 
抗体的TM指数TMvalue：此数值越大代表TM温度越高，即越稳定。TM计算是根据CDR内部结构的作用力强弱，通过计算内部的库伦力、范德华力、疏水作用力等等。作用力越强则TMvalue越大。