进化树
结果解读:
如上图所示,此进化树的结果为抗体CDR区域序列的结果,因为CDR区域以外的部分会通过人源化最终变为人源的氨基酸,因此不予考虑。
通过上图我们可以发现重链与轻链分别位于2个分类之中,同时可以判断出哪些抗体序列比较接近甚至相同。可以判断出抗体的多样性高低,甚至表位是否接近等。
通常情况下CDR序列在进化树中越是接近也可以判断其结合抗原的表位比较相近,这是由于抗体CDR的一级序列决定了CDR区的二级乃至三级结构,而三级结构又决定着抗体识别抗原的表位与亲和力。我们在挑选抗体的时候建议相同的亲和力的情况下尽量的多挑选结合不同抗原表位的抗体作为候选,这是因为不同的抗体结合不同的抗原表位,这些不同的抗原表位又会引起不同的功能反应,比如说相同亲和力结合不同表位PD1的抗体,虽然说亲和力相似,但是其阻断其与PDL1的结合及其它方面的功能不尽相同,在这里我们最大限度的集合所筛选到的不同表位的抗体供后期功能及其它试验的验证,最终挑选出最优秀的抗体。而在进化树中比较相近家族的抗体则只需要挑选出家族中亲和力最优的代表即可。