专利分析

针对目前已有的治疗性抗体专利多个数据库进行整合，得到与治疗性抗体的序列保护主题靶点相关的目标专利，最终确认的目标专利的抗体序列进行人工提取和整理，建立治疗性抗体专利数据库，并在此基础上进行了专利分析。

由于抗体结构的特殊性，我们分析专利时只需要考虑CDR部分是否侵犯了其它专利，因此我们分析结果的数据都是CDR部分的数据。 目前的搜集的专利所包含的靶点有：PD1、TIGIT、OX40、BCMA、CLDN18、CD123、CD3、HER3、PDL1、CD47、CD40、DLL3、TIM3、TROP2、LAG3、SIGLEC15等，所有专利均包含这些靶点的所有抗体序列，包含已上市、临床阶段、在研等等，目前涵盖了如LENS、SOOPAT、ESPACENET等数据库收集的专利。

结果解读：

如下图所示，通常我们会得到如下表格，从左至右每列分别为:

Name：抗体的名字。

AverageDiff：此平均数是重链和轻链总的与专利CDR不同氨基酸所占百分比的平均值，即假设CDR重链与轻链的总长度为20个氨基酸，其中只有2个氨基酸与专利的CDR的氨基酸不一样，则此值为2/20=10%。

HchainDiff：单独分析重链与专利不同氨基酸所占百分比。

LchainDiff：单独分析轻链与专利不同氨基酸所占百分比。

由此结果我们可以得出，数值越大、与专利就越不一样、其专利空间就越多！

点击每个抗体的链接后，我们会进入到更加细节的部分。从左至右每列依次为：

AverageDiff：此平均数是重链和轻链与专利不同氨基酸所占百分比的平均值。
Name：即为输入的抗体名称。
HchainDiff：单独分析重链与专利不同氨基酸所占百分比。
LchainDiff：单独分析轻链与专利不同氨基酸所占百分比。
Hcdr1Diff：其中百分数是重链CDR1部分比对中不同氨基酸的比例，括号中（1\10）带表此CDR1部分一共有10个氨基酸，与专利不同的氨基酸个数为1个。
Hcdr2Diff：同上。
Hcdr3Diff：同上。
Lcdr1Diff：其中百分数是轻链CDR1部分比对中不同氨基酸的比例，括号中（1\10）带表此CDR1部分一共有10个氨基酸，与专利不同的氨基酸个数为1个。
Lcdr2Diff：同上。
Lcdr3Diff：同上。
Hsimilar：此列写着重链最相似的专利号与序列号，比如US20150190506A1_12，其中US20150190506A1为专利号，12为此专利的序列号即第12条序列。
Lsimilar：此列写着轻链最相似的专利号与序列号。

点击重链或轻链相似专利链接后，我们会进入到序列比对部分。如下图所示：

在与专利中最相似的序列的比对结果中：标红颜色的是CDR1部分，蓝颜色是CDR2部分，绿颜色是CDR3部分。重链与轻链都是相同的标注方式。