亲和力成熟位点扫描

此项功能与后面的亲和力成熟功能是配合使用的,此功能运行的结果是亲和力成熟功能的输入项。后面会有详细介绍。

根据上图界面提示,请输入编辑好的项目名、正反向引物序列、压缩的测序结果文件。

项目名称:需要客户根据自己的实际项目来提供一个编写的项目名称。

pdb文件中抗原分子的ID号:因为此项功能需要抗原抗体复合物的晶体结构或者是预测的复合物结构,因此请在此输入抗原抗体的复合物结构中抗原的ID号,如A或B等等来区分抗体与抗原。

抗原抗体的复合物结构:如上文所述,因为需要抗原抗体结合的晶体结构或者预测的结构,因此请在此输入,最好在结构中的抗体部分只保留Fv可变区。

都输入好后点击提交,静等结果反馈,可以在结果列表里面查看运行状态。当运行结束时会得到如下结果:

结果解读:

如上图所示:结果分为2部分,上面是结构部分,下面是文字描述部分。

在上面的结构部分里,可以看到,粉色的是抗原分子结构,绿色和青色是抗体结构。通过我们的位点扫描后,黄色的氨基酸就是我们扫描出来的位点,我们就是在此些位点上进行下面亲和力成熟功能的运算。也就是说在此些位点上进行不同氨基酸的替换,以达到提高亲和力的目的。

在下面的部分可以看到文字的结果,H:0 2 27分别代表位点所在的H链序列的第0、2、27位置的氨基酸。L:2 27代表所在L链序列的第2、27位置的氨基酸。

客户还可以在结构上检查这些位点,如果认为某些位点需要删除或者增加,可以在接下来的亲和力成熟功能的输入中删除或者增加位点。

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