包含专利分析、PTM、溶解性、稳定性、CDR、电荷分布、等电点、人源化设计分析、免疫原性预测及优化方案、序列相似性分析、抗原表位分析、测序结果分析整理等等。
输入与操作简单便捷,如下图所示:
项目名称:需要客户根据自己的实际项目来提供一个编写的项目名称。
抗体靶标:选择所筛选抗体的靶点,此靶点是为了分析专利所需要,通常分析专利时会考虑到同一靶点的抗体序列是否侵权。
人源化Fc标签选择:选择最后人源化药物Fc标签,可供选择人的IgG1与IgG4,这里的Fc标签的选择方便后面程序计算人源化后的等电点。
输入抗体序列/或者选择抗体序列文件:输入测序所得到的可变区Fc抗体序列,每个抗体分为重链与轻链2部分,重链的名称组成为>Herceptin-1H其中>代表此行是抗体名称而不是抗体序列,Herceptin是抗体名称,-1代表是此次输入序列的第1对抗体,后面的第2、3、、、对抗体等等以此类推,H代表是重链。抗体序列都输入好后点击提交,静等结果反馈,可以在结果列表里面查看运行状态。
具体格式如下:
>Herceptin-1H
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKDTYIHWVRQAPGKGLEWVARIYPTNGYTRYADSVKGRFTISADTS
>Herceptin-1L
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVNTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTI
>Ofatumumab-2H
EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCAASGFTFNDYAMHWVRQAPGKGLEWVSTISWNSGSIGYADSVKGRFTISRDNA
>Ofatumumab-2L
EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTI
每个抗体分为重链与轻链2部分,重链的名称组成为 >Herceptin-1H 其中>代表此行是抗体名称而不是抗体序列,Herceptin是抗体名称,-1代表是此次输入序列的第1个抗体,后面的第2、3、、、个抗体等等以此类推,H代表是重链。抗体序列都输入好后点击提交,静等结果反馈,可以在结果列表里面查看运行状态。
运行结束后会在左侧的结果汇总栏目里会有一项总体概览,此概览是对每个抗体的性质的一个总体的总结,详细的解读会在后面的每项中体现。 我们通常会根据此总结的蜘蛛图来对每个抗体做个基本的评价。点击后如下图:
如上图所示,各个不同抗体的各种性质会以蜘蛛图的方式展示出来,这些参数性质会以满分100分来被打分。其中会显示如下参数:
Patent:满分100分代表与其它专利非常不同,完全没有专利问题,CDR同源性低于50%。
PTM:是否有修饰位点,100分代表没有修饰位点。
Solubility:100分代表溶解度好。
Aggregation:100分代表没有聚集问题。
TM:分值越高代表TM值热稳定性越好。
Length:分值越高代表其在CDR长度上没有问题。
PI:分值越高代表PI值作为抗体药物开发没有问题。
Viscosity:分值越高代表抗体的黏度没有问题。
Expression:分值越高代表表达量越高。
HuValue1:分值越高代表用与鼠源序列最像的人源模板来做人源化越容易,人源化程度越高。
HuValue2:分值越高代表用与已成药且表达量不错且比较相似的人源模板来做人源化越容易,人源化程度越高。
Immunogenicity:分值越高代表免疫源性越低。