序列比对:相似抗体CDR区序列比对
根据上图界面提示,请输入编辑好的项目名称与抗体序列。
序列输入格式与上文中一致,不同点在于在这里我们只输入相似抗体们的重链或只输入轻链进行比较,因为不同抗体的重链与轻链没有可比性。
项目名称:需要客户根据自己的实际项目来提供一个编写的项目名称。
输入抗体序列/或者选择抗体序列文件:输入测序所得到的可变区Fv抗体的重链或轻链序列,具体格式如下:
输入重链
>Herceptin-1H
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKDTYIHWVRQAPGKGLEWVARIYPTNGYTRYADSVKGRFTISADTS
>Ofatumumab-2H
EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCAASGFTFNDYAMHWVRQAPGKGLEWVSTISWNSGSIGYADSVKGRFTISRDNA
或者输入轻链
>Herceptin-1L
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVNTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTI
>Ofatumumab-2L
EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTI
每个抗体分为重链与轻链2部分,重链的名称组成为>Herceptin-1H, 其中>代表此行是抗体名称而不是抗体序列,Herceptin是抗体名称,-1代表是此次输入序列的第1个抗体,后面的第2、3、、、个抗体等等以此类推,H代表是重链,L代表是轻链。抗体序列都输入好后点击提交,静等结果反馈,可以在结果列表里面查看运行状态。当运行结束时会得到如下结果:
结果解读:
如上图所示:结果展示了Atezolizumab与Avelumab的轻链序列比对结果,其中红颜色是CDR区域。