免疫原性
免疫原性检测是抗体药物研发过程中必不可少的一步,具有免疫原性的药物可能诱发机体产生有害的免疫反应,能形成抗药抗体(anti-drug antibody, ADAs)和中和抗体(neutralizing antibody, NAbs)。前者会引起患者强烈的免疫反应,甚至危害病人生命安全,后者能够中和能力,能够抑制生物药的生物活性而减弱其药效。
T细胞结合位点:把抗体的氨基酸序列依次分割成15个氨基酸的多肽片段,然后逐个分析这些多肽片段是否与人的HLAII相结合,如果某个多肽亲和力很强,<50nM则确定为一个可以与HLAII结合并结合T细胞上的TCR的位点。这里我们使用的IEDB里面提供的方法工具来预测与人HLAII结合。B细胞的结合位点则是基于序列分析,首先确定氨基酸是否位于分子表面,然后把位于分子表面的氨基酸逐一的进行亲水、疏水、带电性质等的分析,通常来讲大的侧链或者带电荷的氨基酸容易与B细胞的BCR结合。部分工具同样来自IEDB的方法。
CDR区的糖基化往往会增强抗体的免疫源性,因此我们会通过对糖基化的分析来作为判断免疫源性高低的指标之一,其基本原理公式为:Asn-Xaa-Ser/Thr
结果解读:
如上图所示,通常我们会得到如上图的表格,从左至右每列分别为:
抗体名称Name:
与T细胞结合的位点个数Tsites:
与B细胞结合的位点个数Bsites:
引起免疫源性的估值ImmunoValue:此列如果出现有红颜色标注,则免疫源性较强,需要考虑进一步实验检测。
点击抗体名称Name或者B细胞结合表位Bsites进入到下图结果:
如上图所示,分别展示了重链与轻链的位于第三行的绿颜色的T细胞结合位点与位于第四行的粉红颜色B细胞结合位点。第二行蓝颜色标注的是抗体的CDR区域。
点击T细胞结合位点数Tsites后进入到下图列表:
如上图所示,结果分为2个部分:
第一部分为预测的人源化后的抗体肽段与人的MHCII可能的结合信息,从左至右每列分别为:
Binding level:结合的强度,分为SB、WB和空白,分别代表强结合,弱结合和微弱结合三个档次。
Binding Affinity(nM):结合的亲和力
llele Type:结合人的MHCII的亚型
Allele Frequence:此亚型在人群的频率,数据来源与IEDB数据库。
Peptide:结合的抗体肽段,因为是已经人源化的序列,因此肽段通常发生在CDR区域。
Rank:结合的分布,亲和力越高,此数值越小。对于每个肽,通过比较肽的亲和力与从 SWISSPROT 数据库中选择的 500 万随机 15 mers 的亲和力进行比较所得的数值。因此分数越小亲和力越高。
第二部分为抗体是否拥有IEDB数据库里实验验证的有免疫源性的肽段,从左至右每列分别为:
Peptides:肽段序列
Allele:结合人的MHCII的亚型
Binding Affinity(nM):结合的亲和力
Allele Frequence:此亚型在亚洲人群的频率